Теория:
1. В начале \(XV\) века русская православная церковь была зависима от Византии. Формальным главой был константинопольский патриарх. Он назначал митрополита, который в свою очередь назначал на посты глав епархий — епископов и архиепископов. Духовенство делилось на чёрное — монахов, и белое — мирских священников. В стране было множество монастырей — Ферапонтов, Троице-Сергиев и другие. (Подробнее здесь.)
2. В середине \(XV\) века существованию Византии угрожала Османская империя. Стремясь найти союзников среди католических государств, византийское духовенство подписало Флорентийскую унию, поставив церковь в подчинённое положение от папы римского. От русской церкви унию подписал митрополит Исидор. По возвращении он был смещён со своей должности. В \(1448\) году русская православная церковь объявила о своей независимости. Митрополитом был назначен Иона. (Подробнее здесь.)
3. В православном вероучении стали появляться ереси. Первые ереси возникли в Новгороде и Пскове — стригольники и жидовствующие. Они выступали против церковного землевладения, не признавали таинств, были против роскоши среди духовенства. Особую роль имело противостояние нестяжателей во главе с Нилом Сорским и иосифлян, которых возглавлял Иосиф Волоцкий. Первые выступали против богатства церкви, вторые считали это необходимым условием жизнедеятельности церкви. Победили в этой борьбе иосифляне, которых поддержал великий князь Иван \(III\). На рубеже \(XV\)–\(XVI\) веков оформилась идея «Москва — Третий Рим», которая обосновывала преемственность Московского государства и русской православной церкви от Византии. (Подробнее здесь.)